Derfor vælter gensekventering ind på de danske hospitaler

Det Etiske Råd har brummet længe, og det samme har Sundhedsstyrelsen. De har brummet om fordelene, dilemmaerne og udfordringerne ved gensekventering. Hvad vil vi vide om den enkeltes risiko for sygdomme? Hvad fortæller vi til patienterne og hvornår, har nogle af spørgsmålene lydt.

Imens har de nyeste gensekventeringsmaskiner – såkaldte Next Generation Sequencing- eller NGS-maskiner – brummet med fra små lokaler på sygehuse overalt i landet.

Teknologien er nemlig ankommet langt hurtigere end forventet. Den er krøbet ind i alt fra kræftbehandling til fosterdiagnostik, og på Odense Universitets­hospital tilbyder man i dag at undersøge blodprøver fra gravide i 25. uge, hvis moderens blodtype giver risiko for, at barnet bliver sygt de første måneder efter fødslen. Lægerne har også brugt gensekventering til kønsbestemmelse i særlige tilfælde, som da en gravid var bærer af en arvelig sygdom, der var knyttet til X-kromosonet, og risikerede at føre til et barn med vand i hovedet.

Nu tager Odense Universitetshospital og Rigshospitalet gensekventeringen et skridt videre. Med økonomisk støtte fra regionerne vil hospitalerne inden for de kommende måneder begynde at sekventere blod fra gravide. I første omgang vil lægerne kun undersøge blodet fra gravide, der har fået foretaget moderkagebiopsier, fordi en nakkefoldsscanning viste høj risiko for et barn med Downs syndrom. Lægerne jagter nemlig resultater fra fostre med Downs syndrom for at verificere og udvikle den genetiske test, der skal afsløre trisomi 21 (Downs syndrom) og de mere ukendte trisomi 13 (Pataus syndrom) og trisomi 18 (Edwards syndrom).

Rigshospitalet har i over et år indsamlet blodprøver fra gravide og vil i løbet af det næste år validere gentestene ved at sammenligne dem med kromosomanalyser fra moderkagebiopsier. Odense Sygehus forventer at indsamle omkring 500 blodprøver, før de inden for et år er klar med et tilbud til gravide om gentest.

Læger ønsker kontrol over data

På Aalborg Universitetshospital har lægerne siden marts 2013 tilbudt gravide at få taget en blodprøve, som så er blevet sendt til USA og gensekventeret af firmaet Ariosa. Ifølge overlæge Peter Skovbo opbevarer sygehuset alle blodprøverne i håb om en dag selv at udføre gensekventeringen, men han tvivler på, det bliver realistisk:

»Danmark er for lille et land til, at det giver mening at udføre sekventeringen fem forskellige steder, som hver skal investere millioner i udstyr. Det bør samles ét sted, medmindre det i fremtiden bliver nemmere og billigere,« siger Peter Skovbo.

Men sådan ser lægerne på Rigshospitalet og Odense Universitetshospital ikke på det. Professor Jens Michael Hertz fra Odense Univer­sitetshospital tror på, at danske sygehuse kan udvikle teknikker, der gør deres tilbud billigere og mere driftsikre end udlandets. Ifølge ham kan ventetiden på et svar også skæres ned fra 14 dage til tre dage eller mindre, hvis danske hospitaler selv gensekventerer. Endelig ser han det grundlæggende som en opgave under det offentlige sundhedssystem. Samme holdning har Susanne Kjærgaard, overlæge på Klinisk Genetisk Afdeling på Rigshospitalet.

»Vores ressourcer er små bitte dråber i forhold til de milliarder af dollars, som internationale firmaer investerer i det her. Men vi vil have fuld kontrol over vores data og udviklingen og holde det i det offentlige sundhedsvæsen for at have et ensartet tilbud til gravide uafhængigt af pengepungen,« siger Susanne Kjærgaard, der under og efter konferencer bliver kontaktet af firmaer, der kæmper for at få foden ind på det danske marked.

Gentest misser kromosomfejl

På Rigshospitalets kromosomlaboratorium har udviklingen af en gentest ‘meget høj prioritering’. Gravide spørger dagligt de ansatte om muligheden, som de kender til gennem egne søgninger på nettet og i litteraturen. I flere tilfælde har de oven i købet fået dem foretaget på private klinikker, som sender prøven til udlandet.

»Vi plejer at sige, at gravide er den mest oplyste patientgruppe. Og det er virkelig sandt, når det gælder det her område,« siger molekylærbiolog Peter Johansen, der også er teknisk ansvarlig for NIPT-projektet (Non Invasive Prenatal Testing) på Rigshospitalet.

I Rigshospitalets optagsområde foretages analyse af 1.000 af de årlige 2.800 gravide, der landet over får foretaget moderkagebiopsi efter nakkefoldsscanningen og den såkaldte doubletest, der også giver en vurdering af risikoen for trisomi 21, 18 og 13. Hverken nakkefoldsscanningen eller doubletesten ønsker Rigshospitalet dog at erstatte.

»Vi har så stor succes med implementeringen af nakkefoldsscanningen i Danmark og får andre vigtige oplysninger, som giver os en idé om fødetidspunktet, antallet af fostre og andet, som den genetiske test ikke giver i dag,« siger Susanne Kjærgaard.

Den genetiske test bliver udført på en Ion Torrent gensekventeringsmaskine fra firmaet Life Technologies. Maskinen er ikke meget større end en laserprinter og står i et lille rum på Rigshospitalet. Sekventeringen af dna kan ske i forskellige dybder alt afhængig af, hvor meget information man ønsker, og til bestemmelse af trisomi 21, 18 og 13 kræves kun en meget lille dybde. Groft sagt kan lægerne nøjes med at tælle antallet af kromosomer i moderens blod for at afgøre, om der er for mange.

Men i modsætning til f.eks analyserne af en moderkagebiopsi er gensekventeringens resultater kun tal på en computerskærm, mens resultaterne af en moderkagebiopsi er nøjagtige fotografiske gengivelser af kromosomerne. Det giver mulighed for – helt konkret – at se, om dele af kromosomerne mangler eller er underlige.

Ifølge Peter Johansen er det slet ikke usandsynligt, at genanalysen bliver udviklet til også at se manglende dele af kromosomerne eller opdage arvelige sygdomme.

»Men det er slet ikke der, vi er i dag, og det er heller ikke meningen med testen. Men samtidig er alle enige om, at sekventeringen er fremtiden på det her område. Alle kæmper om det,« siger han.

Central rolle til it-folk

Susanne Kjærgaard blev uddannet som læge for 25 år siden, og dengang var fødselsdiagnostik kun for læger i hvide kitler. I dag kæmper lægerne om pladsen med molekylærbiologer, bioinformatikere og it-folk. Gensekventeringen skaber nemlig et hav af data, og Rigshospitalet samarbejder derfor med Center for Biologisk Sekvensanalyse på DTU.

Gensekventering er nemlig Big Data, og Peter Johansen illustrerer det med et eksempel. For nylig blev han ringet op af it-afdelingen på Rigshospitalet, der var lidt forundrede over, at otte procent af hospitalets serverkapacitet var forsvundet med et snuptag. Men det viste sig, at forklaringen kom fra NGS-maskinen:

»Jeg havde siddet lidt længe og arbejdet med en række analyser fra få prøver i sekventeringsmaskinen, og i mangel af et sted at gemme data uploadede jeg dem til hospitalets drev. Men vi snakker 680 GB,« siger Peter Johansen.

Trods serverudfordringer er Peter Johansen dog ikke et sekund i tvivl, når man spørger ham, om gentest bliver almindelige på danske hospitaler i de kommende år:

»Klart ja!« lyder svaret.