Mangel på håndhævelsesbeføjelser: IAEA har ingen håndhævelsesbeføjelser til at tvinge stater til at overholde dets regler eller til at skride ind over for dem, der overtræder dets sikkerhedskontrolaftaler. Dette kan begrænse dets effektivitet med hensyn til at afskrække eller straffe overtrædelser af nukleare ikke-spredningsaftaler.

Begrænset medlemskab: Ikke alle lande er medlemmer af IAEA, og nogle ikke-medlemsstater er muligvis ikke underlagt samme niveau af kontrol og tilsyn som medlemslande. Dette kan skabe huller i det globale ikke-spredningsregime og gøre det sværere at opdage og forhindre udvikling af atomvåben.

Konkurrerende nationale interesser: IAEA's arbejde kan blive påvirket af konkurrerende politiske og nationale interesser blandt dets medlemslande. Dette kan gøre det udfordrende for agenturet at bevare sin uafhængighed og upartiskhed, og det kan påvirke de beslutninger og anbefalinger, der træffes af IAEA's styrende organer.

Mangel på ressourcer: IAEA's budget og ressourcer kan være begrænsede, hvilket kan begrænse dets evne til effektivt at udføre sit mandat og reagere på nye udfordringer inden for nuklear ikke-spredning.

Bekymringer om teknologispredning: Nogle kritikere hævder, at IAEA sikrer inspektioner og overvågningsindsats utilsigtet kan hjælpe lande med at udvikle nukleare teknologier, der kan bruges til militære formål snarere end til fredelige applikationer.

Risiko for politisering: Der er en risiko for, at IAEA's arbejde og beslutningstagning kan blive politiseret, især i tilfælde, hvor der er konkurrerende geopolitiske interesser på spil. Dette kan underminere agenturets troværdighed og dets evne til at levere objektive og objektive vurderinger.