Det er ikke muligt at sætte et PCI-e-kort i en PCI-slot. Stikkene til de to standarder er forskellige, og der er ingen tilgængelig adapter til at konvertere mellem dem.
PCI-e slots og kort har flere ben og større stik end PCI slots og kort. PCI-e er også elektrisk forskellig fra PCI:PCI-enheder fungerer ved 3,3 V, mens PCI-e-enheder enten kan fungere ved 3,3 V eller 12 V. De er ikke elektrisk kompatible, og forsøg på at bruge den ene i den anden kan beskadige hardwaren alvorligt.
