Det er ikke muligt at konvertere en FAT16-partition til NTFS ved hjælp af Windows 98's indbyggede værktøjer. Tredjepartssoftware, som Partition Magic, kan dog bruges til at udføre denne konvertering. Du kan også prøve at bruge Disk Management-værktøjet, der følger med Windows 98, til at konvertere en partition fra FAT16 til NTFS, men det virker muligvis ikke på ældre versioner af Windows 98.