Filsystemet, der bruges af SDXC-hukommelseskort, er exFAT (Extended File Allocation Table). Dette filsystem er udviklet af Microsoft og er designet til brug med flash-hukommelseskort, såsom SDXC-kort. exFAT understøtter filer større end 4 GB og kan formateres på både Windows- og Mac-operativsystemer.