Harddiske (HDD'er) er de typer lagerenheder, der kan blive påvirket af fragmentering.

- HDD'er er afhængige af fysiske roterende diske til at gemme og hente data.

- Når filer gemmes på en HDD, bliver de brudt op i mindre stykker og gemt i forskellige sektorer på disken.

- Over tid, efterhånden som filer tilføjes, slettes og ændres, kan disse stykker blive spredt ud over disken, hvilket fører til fragmentering.

- Fragmentering kan sænke HDD'ens ydeevne, da læse/skrivehovederne skal bevæge sig oftere rundt for at få adgang til forskellige dele af filerne.