Disketter har flere ulemper, der har ført til deres gradvise nedgang i brugen:

Begrænset lagerkapacitet :Disketter har en meget begrænset lagerkapacitet sammenlignet med nutidens standarder. Det mest almindelige disketteformat, 3,5-tommers disketten, kan kun gemme op til 1,44 megabyte (MB) data. Dette er meget lille sammenlignet med moderne lagerenheder såsom USB-flashdrev og harddiske.

Langsomme dataoverførselshastigheder :Disketter har langsomme dataoverførselshastigheder. Standard 3,5-tommers diskette kan læse og skrive data med en maksimal hastighed på 250 kilobyte pr. sekund (KBps). Dette er meget langsomt sammenlignet med moderne lagerenheder, som kan overføre data med megabyte eller endda gigabyte per sekund.

Plidelighedsproblemer :Disketter kan være upålidelige. De er meget følsomme over for støv, snavs og magnetiske felter, som kan forårsage fejl ved læsning eller skrivning af data. Derudover kan disketter let blive beskadiget, hvis de tabes eller udsættes for overdreven varme eller kulde.

Mangel på bagudkompatibilitet :Disketter er ikke bagudkompatible med moderne computere. De fleste moderne computere har ikke diskettedrev, så de kan ikke læse eller skrive data fra disketter.

Forældelse :Disketter betragtes nu som forældet lagerteknologi. De er blevet erstattet af mere pålidelige, højere kapacitet og hurtigere lagerenheder.