Her er to ulemper ved at bruge en computermus:

1. ergonomiske spørgsmål: Langvarig brug af en mus kan føre til gentagne belastningsskader (RSIS) som karpaltunnelsyndrom, senebetændelse og andre muskuloskeletale problemer. Dette skyldes, at de gentagne bevægelser af hånden og håndleddet kan anstrenge muskler, sener og nerver.

2. begrænset præcision: Mens mus er gode til generel navigation og selektion, kan de være mindre præcise end andre inputmetoder, især til opgaver, der kræver fin kontrol. For eksempel kan tegning eller redigeringsbilleder være lettere og mere nøjagtige ved hjælp af en stylus eller tablet.