MicroATX øger ikke de samlede omkostninger for et system baseret på antallet af udvidelsesslots på bundkortet. MicroATX bundkort har generelt færre udvidelsesslots sammenlignet med ATX bundkort, hvilket kan føre til en lavere pris for selve bundkortet. Omkostningsforskellen er dog normalt ubetydelig og påvirker ikke de samlede systemomkostninger væsentligt. De samlede omkostninger ved et system afhænger af forskellige faktorer, såsom de valgte komponenter (f.eks. CPU, GPU, hukommelse, lager), størrelse på etui, strømforsyning og yderligere funktioner eller tilbehør.