Den protokol, der bruges til specialiseret netværkskommunikation mellem en klient og terminalserver, afhænger af den specifikke type terminalserver og den ønskede funktionalitet. Her er nogle af de almindelige protokoller, der bruges:

til klassisk terminalemulering:

* telnet: Dette er en ældre protokol, der giver grundlæggende tekstbaseret kommunikation. Det er enkelt, men usikkert, da det transmitterer data i almindelig tekst.

* ssh (Secure Shell): Dette er et mere sikkert alternativ til Telnet, der krypterer alle data, der er transmitteret mellem klienten og serveren.

* rlogin: Denne protokol ligner Telnet, men giver begrænsede sikkerhedsfunktioner. Det er ikke så vidt brugt som Telnet eller SSH.

for grafisk brugergrænseflade (GUI) Access:

* rdp (Remote Desktop Protocol): Denne protokol giver brugerne mulighed for at få adgang til en ekstern computers skrivebord, inklusive dens applikationer og filer. Det bruges ofte til at oprette forbindelse til Windows -servere.

* VNC (Virtual Network Computing): Denne protokol giver brugerne mulighed for fjernt at kontrollere en anden computers grafiske miljø. Det understøtter flere platforme og bruges ofte til generel fjernadgang.

* x11: Denne protokol bruges til transmission af grafiske data mellem X Window System -klienter og servere. Det bruges typisk i Linux- og Unix -miljøer.

Til specialiserede applikationer:

* Citrix ICA: Denne protokol er proprietær for Citrix -systemer og giver mulighed for sikker og effektiv fjernadgang til applikationer og desktops.

* Microsoft Remotefx: Denne protokol er designet til fjerntliggende desktopmiljøer og optimerer til high-definition video og multimedia.

* VMware Blast Extreme: Denne protokol bruges til at få adgang til virtuelle maskiner eksternt og tilbyder høj ydeevne og effektivitet.

Den anvendte specifikke protokol afhænger af faktorer som:

* Operativsystemerne for klienten og serveren.

* Det ønskede sikkerhedsniveau.

* Den krævede adgangstype (f.eks. Tekstbaseret, GUI, applikationsspecifik).

* Netværksinfrastrukturen og båndbredden tilgængelig.

Det er vigtigt at bemærke, at den protokol, der bruges til specialiseret netværkskommunikation mellem en klient og terminalserver, ofte er en kombination af flere protokoller, der arbejder sammen for at give den ønskede funktionalitet.