Pro Tools bruger primært Audio Interchange File Format (AIFF) til lydfiler. AIFF er et tabsfrit format, hvilket betyder, at det ikke komprimerer lyddataene, hvilket resulterer i lyd af høj kvalitet. Det bruges almindeligvis i professionel lydproduktion, inklusive Pro Tools, på grund af dets pålidelighed, kompatibilitet og evne til at bevare den originale lydkvalitet.

Pro Tools understøtter også andre filformater, såsom WAV (Waveform Audio File Format), BWF (Broadcast WAV File Format), CAF (Core Audio Format), SDII (Sound Designer II), MP3 (MPEG-1 Audio Layer 3), og AAC (avanceret lydkodning). Disse formater varierer med hensyn til komprimering, kvalitet og kompatibilitet med forskellige lydsoftware og -enheder.

Afhængigt af de specifikke projektkrav, såsom overvejelser om kompatibilitet, kvalitet og filstørrelse, kan brugere vælge det passende filformat, når de eksporterer eller importerer lydfiler i Pro Tools.