PDB-filer gemmer data vedrørende de tredimensionelle strukturer af proteiner, nukleinsyrer og deres komplekser; de genereres ved hjælp af røntgenkrystallografi eller NMR-spektroskopi.

Mere specifikt er Protein Data Bank (PDB) et depot for eksperimentelt bestemte strukturer af proteiner, nukleinsyrer og andre biologiske makromolekyler. PDB-filer gemmer atomkoordinaterne og andre relaterede data for disse molekyler, hvilket gør det muligt for videnskabsmænd at visualisere og analysere deres strukturer og studere interaktionerne mellem forskellige molekyler. PDB-filer er meget brugt i strukturel biologi, lægemiddeldesign og andre forskningsområder.