Her er de generelle trin på, hvordan du opretter en PDB -fil på din computer:

Trin 1:Få en PDB -fil eller PDB -koordinater

- PDB-filer er vidt tilgængelige fra forskellige kilder, såsom Protein Data Bank (PDB) websted eller forskningsdatabaser som RCSB Protein Data Bank eller OCA-Yale.

- Hvis du har koordinaterne for din proteinstruktur, kan du konvertere dem til et PDB -filformat. Flere softwarepakker og online -værktøjer kan udføre denne konvertering.

Trin 2:Installer en molekylær visualiseringssoftware

- For at åbne, se og redigere PDB -filer har du brug for molekylær visualiseringssoftware såsom Pymol, UCSF Chimera, VMD (Visual Molecular Dynamics) eller Swiss PDB Viewer. Disse programmer er frit tilgængelige og kan downloades fra deres respektive websteder.

Trin 3:Åbn PDB -filen

- Når du har installeret den molekylære visualiseringssoftware, skal du åbne den PDB -fil, du har fået eller oprettet. Gå for eksempel i Pymol til "fil"> "åben" og vælg PDB -filen.

Trin 4:Visualiser og analyser proteinstrukturen

- Den molekylære visualiseringssoftware viser proteinets 3D -struktur. Du kan rotere, zoome og manipulere strukturen for at se den fra forskellige vinkler.

- Disse værktøjer giver også muligheder for at analysere strukturen, såsom måling af afstande, vinkler og andre molekylære egenskaber.

Trin 5:Gem PDB -filen (valgfrit)

- Hvis du har foretaget ændringer i proteinstrukturen eller tilføjet yderligere oplysninger, kan du gemme den ændrede struktur som en ny PDB -fil. I Pymol skal du gå til "File"> "Gem PDB" og vælge et navn og placering til den nye PDB -fil.

Trin 6:Yderligere ændringer (valgfrit)

- Afhængig af dine specifikke krav kan du udføre yderligere ændringer af PDB -filen. Dette kan omfatte tilsætning af ligander eller opløsningsmiddelmolekyler, ændring af atomnavne eller ændre formateringen.

- Hvis du har brug for at foretage omfattende ændringer eller komplekse strukturelle manipulationer, kan du bruge specialiseret molekylær modelleringssoftware som Modeller eller CHARMM.

Trin 7:Valider PDB -filen

- Når du har oprettet eller ændret PDB -filen, er det en god praksis at validere den for at sikre dens nøjagtighed. Flere online værktøjer og softwareprogrammer kan udføre PDB -validering og identificere potentielle fejl eller uoverensstemmelser.

Husk, at oprettelse og redigering af PDB -filer kræver en grundlæggende forståelse af molekylstruktur og filformater. Hvis du ikke er bekendt med disse koncepter, anbefales det at konsultere eksperter eller bruge brugervenlige grænseflader leveret af den molekylære visualiseringssoftware.