Der er tre typer FAT-filsystemer:
- FAT12: FAT12 står for File Allocation Table med 12 bit, var den første type FAT-filsystem og bruges stadig på meget små lagermedier med lav kapacitet som f.eks. disketter. Den bruger 12 bit pr. FAT-indtastning, hvilket begrænser det maksimale antal understøttede klynger og filer på en FAT12-diskenhed. FAT12 understøtter en maksimal partitionsstørrelse på 16 MB.
- FAT16: FAT16 eller filallokeringstabel med 16 bit, er et mere avanceret FAT-filsystem, der bruger 16 bit pr. FAT-indtastning, hvilket giver mulighed for større partitionsstørrelser og flere understøttede filer/klynger sammenlignet med FAT12. FAT16 blev meget populær i 1980'erne og 1990'erne og blev almindeligvis brugt på harddiske, da det tilbød bedre ydeevne og mere lagerplads end FAT12. FAT16 understøtter en maksimal partitionsstørrelse på 2 GB.
- FAT32: FAT32 eller filallokeringstabel med 32 bit, er en væsentlig opgradering i forhold til FAT16 og blev udviklet til at imødegå begrænsningerne af sine forgængere. FAT32 bruger 32 bit pr. FAT-indgang, hvilket dramatisk øger det maksimale antal understøttede filer/klynger og giver mulighed for større partitionsstørrelser. FAT32 er stadig almindeligt brugt i dag på USB-flashdrev, hukommelseskort og ældre operativsystemer. Det understøtter en maksimal partitionsstørrelse på 2 TB, selvom nogle implementeringer kan have en mindre grænse.
