Skype i sig selv bringer ikke virus til din computer. Det er dog muligt for ondsindede brugere at sprede vira eller anden malware gennem Skype-beskeder eller filoverførsler. For at beskytte dig selv skal du være forsigtig med at klikke på links eller åbne filer fra personer, du ikke kender, og sørg for at holde din antivirussoftware opdateret.