Her er to ulemper ved integrerede softwarepakker:

1. Begrænset funktionalitet: Mens de tilbyder en bred vifte af værktøjer, mangler integrerede pakker ofte de dybde og specialiserede funktioner, der findes i fristående applikationer. Dette kan være en ulempe for fagfolk, der kræver avanceret funktionalitet på specifikke områder, som regnskab, grafisk design eller dataanalyse.

2. Læringskurve: Integrerede pakker har typisk en stejlere læringskurve på grund af kompleksiteten af ​​at mestre flere applikationer inden for en enkelt grænseflade. Brugere kan være nødt til at investere mere tid i træning og blive fortrolige med forskellige funktioner og arbejdsgange, hvilket oprindeligt kan hindre produktiviteten.