Windows Server 2003 bruger
NTFS (nyt teknologifilsystem) Filsystem som standard.
Selvom det også kan understøtte andre filsystemer som FAT32 og FAT16, bruges disse primært til kompatibilitet med ældre operativsystemer og enheder. Til de fleste formål er NTFS det anbefalede og foretrukne filsystem til Windows Server 2003.