Windows 98 understøtter primært følgende filsystemer:

* FAT16: Dette var standardfilsystemet for DOS og tidlige Windows -versioner. Det var standardfilsystemet for mindre harddiske og disketter.

* FAT32: Introduceret med Windows 95 OSR2 tilbød FAT32 større lagerkapacitet sammenlignet med FAT16 og blev det foretrukne filsystem til harddiske.

Windows 98 havde også begrænset støtte til følgende:

* ntfs: Mens Windows 98 kunne læse NTFS -bind, kunne det ikke skrive til dem. Dette betød, at du kunne få adgang til filer på NTFS -partitioner, men du kunne ikke oprette nye filer, mapper eller ændre eksisterende.

Det er vigtigt at bemærke, at Windows 98 ikke nativt understøtter nogen andre filsystemer som EXT2/3/4 (Linux) eller HFS+ (MACOS).