Der er et par vigtige årsager til, at Linux-programmer ikke kører i Windows:

Forskellige operativsystemstrukturer :Windows og Linux er bygget på forskellige styresystemkerner. Linux-kernen er baseret på den monolitiske kernearkitektur, mens Windows bruger en mikrokernearkitektur. Det betyder, at Linux-kernen er et enkelt, stort stykke software, der håndterer alle styresystemets opgaver, mens Windows-kernen er opbygget af flere mindre komponenter, der arbejder sammen om at udføre forskellige opgaver. Denne grundlæggende forskel i arkitektur gør det vanskeligt for Linux-programmer at køre i Windows.

Forskellige systemopkald :Systemkald er den måde, programmer interagerer med operativsystemet på. Linux og Windows bruger forskellige sæt systemkald, så Linux-programmer kan ikke foretage de samme systemkald, som Windows-programmer gør. Dette betyder, at Linux-programmer skal omskrives for at bruge Windows-systemkaldene for at kunne køre i Windows.

Forskellige filformater :Linux og Windows bruger forskellige filformater til eksekverbare programmer. Linux-programmer er typisk kompileret til ELF-filer (Executable and Linkable Format), mens Windows-programmer typisk kompileres til PE-filer (Portable Executable). Det betyder, at Linux-programmer ikke kan køres direkte af Windows.

Forskellige biblioteker :Linux og Windows bruger forskellige sæt af biblioteker. Linux-programmer er typisk forbundet med GNU C Library (glibc), mens Windows-programmer typisk er forbundet med Microsoft C Runtime (MSVCRT). Det betyder, at Linux-programmer skal genkompileres med Windows-bibliotekerne for at kunne køre i Windows.

Ud over disse tekniske udfordringer er der også juridiske udfordringer, der kan forhindre Linux-programmer i at køre i Windows. Nogle Linux-programmer udgives under GNU General Public License (GPL), som kræver, at eventuelle modificerede versioner af programmet også frigives under GPL. Dette kan gøre det svært for udviklere at portere Linux-programmer til Windows, da de muligvis ikke kan opfylde kravene i GPL.