Det er generelt ikke svært at installere Windows, når Linux allerede er installeret. I de fleste tilfælde kan du oprette en separat partition på din harddisk til Windows og installere den sammen med Linux. Dette er kendt som en dual-boot-konfiguration, og det giver dig mulighed for at vælge, hvilket operativsystem du vil starte op i, når du tænder for din computer.

Der er dog et par potentielle problemer, der kan opstå, når du installerer Windows efter Linux. Et problem er, at Windows kan overskrive Linux-bootloaderen, som er det program, der indlæser styresystemet, når du tænder for din computer. Dette kan forhindre dig i at starte op i Linux, efter du har installeret Windows. For at undgå dette kan du bruge et værktøj som EasyBCD til at oprette en brugerdefineret opstartsmenu, der giver dig mulighed for at vælge mellem Linux og Windows.

Et andet potentielt problem er, at Windows muligvis ikke kan få adgang til filerne på din Linux-partition. Dette skyldes, at Linux bruger et andet filsystem end Windows. For at få adgang til dine Linux-filer kan du installere et tredjepartsværktøj som Ext2Fsd.

Generelt er det ikke overdrevent svært at installere Windows efter Linux, men det kræver en vis grundlæggende teknisk viden og en forståelse af, hvordan du konfigurerer din computers boot-menu.