I Puppy Linux er standard kommandolinjeskallen BusyBox-skallen, også kendt som ash. Dette er en let og alsidig skal, der giver standard Linux-kommandolinjefunktionalitet. Andre almindeligt anvendte skaller i Puppy Linux inkluderer Bash-skallen (Bourne-Again SHell) og Zsh (Z Shell). Brugere kan nemt skifte mellem forskellige shells ved at ændre SHELL-miljøvariablen eller ved at kalde den ønskede shell direkte fra terminalen.