Der er ingen driftstilstand, der kan bruges til direkte at køre Windows 98-applikationer, der er installeret på Windows Vista. Programmer, der er designet til Windows 98, er ikke kompatible med Windows Vista og kan ikke køre på det. Dette er på grund af de betydelige ændringer og forbedringer, der blev introduceret i Windows-operativsystemet fra Windows 98 til Windows Vista.