Windows 2000 og XP bruger primært
NTFS (nyt teknologifilsystem) filsystem.
Mens de stadig kan læse og skrive til det ældre fedt (filallokationstabel) 32 Filsystem, NTFS er standard og tilbyder betydelige fordele, såsom:
* sikkerhed: NTFS understøtter Granular Access Control Lists (ACLS), hvilket giver mulighed for finkornet kontrol over fil- og mappetilladelser.
* journalføring: NTFS holder en log over ændringer i filsystemet, hvilket giver mulighed for mere pålidelig gendannelse i tilfælde af systemulykker eller fejl.
* Komprimering: NTFS giver mulighed for fil- og mappekomprimering, hvilket gemmer diskplads.
* Større filer og volumener: NTFS understøtter meget større filstørrelser og volumener end FAT32.
* kryptering: NTFS leverer indbyggede krypteringsfunktioner til at beskytte følsomme data.
Selvom FAT32 muligvis stadig bruges til specifikke formål som eksterne drev eller ældre applikationer, er ntfs det dominerende filsystem til Windows 2000 og XP.