Det foretrukne filsystem, der bruges i Windows, afhænger af versionen af operativsystemet.
- For Windows 98 og tidligere , er det foretrukne filsystem FAT (File Allocation Table).
- For Windows 2000 og nyere , er det foretrukne filsystem NTFS (NT File System).
NTFS er et mere avanceret filsystem end FAT og tilbyder flere fordele, herunder:
- Forbedret sikkerhed :NTFS understøtter adgangskontrollister (ACL'er), som giver dig mulighed for at angive, hvem der kan få adgang til filer og mapper, og hvad de kan gøre med dem.
- Øget pålidelighed :NTFS er mere modstandsdygtig over for datakorruption end FAT.
- Større filstørrelser :NTFS kan understøtte filer på op til 16 TB i størrelse, mens FAT kun kan understøtte filer på op til 4 GB.
- Forbedret ydeevne :NTFS er generelt hurtigere end FAT, især for store filer.
FAT bruges dog stadig i nogle tilfælde, såsom til USB-flashdrev og andre bærbare lagerenheder. Dette skyldes, at FAT er mere kompatibel med en bredere vifte af enheder end NTFS.