Den hukommelse , der er indeholdt på USB -flash-drev virker meget lig , hvordan enhver anden ekstern USB-harddisk fungerer. Det betyder, at det kan indeholde flere partitioner og partition typer og er ikke begrænset til den typiske FAT32 -format, som USB-flashhukommelsen typisk kommer pre -formateret fra fabrikken. Ved at omformatere USB flash-hukommelse, kan forskellige partitioner , der indeholder forskellige filsystemer skal placeres på drevet. USB-flashhukommelsen er endda konfigureres til at starte computeren op . FAT /FAT32
p Dette er langt den mest almindelige format , næsten alle nye USB flash memory drev kommer formateret med denne partition typen som standard. FAT32 partition typen understøtter partitioner på over 4 GB i størrelse og er den mest kompatible mellem flere operativsystemer.
NTFS

En USB -flash-hukommelsesenhed kan blive omformateret med et NTFS partition table type, til at arbejde med Microsoft Windows. Formatere en USB-hukommelsesenhed med NTFS for at skabe bootable kopier af Microsoft Windows , der kan installeres fra USB -hukommelsen. Dette er nyttigt til installation på netbook-computere .
HFS +

Hierarchical File udvidet System er partitionstabellen type, der anvendes af Macintosh-computere. Hvis en USB -hukommelsesenhed er udelukkende anvendes med Mac OS X , formatere USB-enheden med HFS + muliggør ekstra funktioner som filrettigheder , at FAT32 ikke understøtter.
EXT3 /EXT4

EXT filsystem bruges med GNU /Linux operativsystem. Ved at formatere en USB-hukommelsesenhed med EXT3 eller EXT4 partitionstabel type, kan en bootbar Linux-system skal oprettes på USB-enheden.