De mest almindelige hjerne billeddiagnostiske teknikker er magnetisk resonans imaging ( MRI) og positron emissions tomografi ( PET). MRI er en bedre teknik til billeddannelse hjernens strukturer , hvorimod begge teknikker kan bruges til billede hjernefunktion . Mange forskellige virksomheder sælger brain imaging software til brug med MR-scanning eller PET eller begge dele. Imaging Software til hjernens struktur

MR-scanninger giver fremragende blødt væv kontrast. Derfor forskere og klinikere almindeligt brug denne imaging modalitet til billede strukturen i hjernen. Mayo Clinic sælger en software-pakke kaldet "Analyze ", som giver forskere og klinikere at undersøge og analysere hjernen strukturelle data fra en MR-scanning.
Imaging Software til Brain Function

MR og PET-billeddannelse kan anvendes til at undersøge hjernens funktion . For eksempel kan en forsker eller kliniker præsentere en stimulus , såsom en infusion af et lægemiddel eller en videopræsentation af en film , til et individ og bestemme hvilke dele af individets hjerne aktiveres af den samme stimulus . Wellcome Trust for Neuroimaging giver en statistisk parametrisk mapping eller SPM softwarepakke til analyse funktionel PET eller MRI data , uden beregning. Men denne pakke kører i en MATLAB miljø , så en kopi af MATLAB skal være installeret for at køre .
Imaging Software til Andre anvendelser

Nogle brain imaging software kan bruges til andre formål . For eksempel kan MRI anvendes til at måle hvide substans spor i hjernen . Disse spor formidle information mellem de forskellige dele af hjernen . Forskere og klinikere kan bruge software stilles gratis til rådighed af universitetet i Oxford Institut for Klinisk Neurology kaldet FSL at analysere integriteten af disse spor og deres stier .