PDB står for Protein Data Bank. Det er et depot for tredimensionelle strukturelle data af store molekyler af biologisk betydning, såsom proteiner, DNA og RNA. PDB er et arkiv, der vedligeholdes af Worldwide Protein Data Bank (WWPDB), et konsortium af forskningssamarbejde for Structural Bioinformatics (RCSB), Det Europæiske Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) og Protein Data Bank Japan (PDBJ). PDB indeholder eksperimentelt bestemte strukturer af biomolekyler, herunder atomkoordinater, eksperimentelle forhold og andre relevante data. Dataene i PDB er frit tilgængelige for offentligheden og bruges af forskere til forskning, uddannelse og lægemiddeldesign.