Monthly Archives: March 2014

Det er ikke kun forsvaret, der har svært ved at vælge mellem hjul og bælter i det kommende køb af nye pansrede mandskabsvogne til hæren. Også forsvarseksperter er usikre på, hvad der vil være den bedste løsning for hæren.

Grundlæggende handler forskellen på hjul og bælter om, hvilke missioner forsvaret regner med at skulle sættes ind i fremover. Sådan lyder det samstemmende fra tre danske eksperter.

Hjul egner sig i udgangspunktet bedst til blødere missioner i civiliserede områder, mens bælter er at foretrække, hvis der er tale om hårde missioner, som kræver fuld taktisk mobilitet.

»Netop typen af konflikter vil betyde meget for typen af køretøj, men udviklingen er jo umulig at forudsige. For 15 år siden havde de færreste gættet på, at Danmark ville have deltaget i tre krige,« siger Jens Ringsmose, lektor ved Center for Warstuides, SDU.

Forsvaret jagter i omegnen af 360 nye PMV’er, der skal leveres i seks konfigurationer og på sigt afløse alle pansrede køretøjer i forsvaret herunder M113 og Piranha. Det er en kontrakt, der kan løbe op i et større milliardbeløb, og som vil tegne hæren i årtier fremover.

Forsvarets Materieltjeneste, FMT, oplyser, at man er en smule forsinket med projektet, men forventer endelige tilbud fra de tilbageværende fem leverandører inden for de næste uger.

To af de fem kandidater er hjulbaserede køretøjer, men skal Jens Ringsmose fra SDU sætte sin lektorløn på én af typerne bliver det på et bæltekøretøj.

»Forsvarets erfaringer fra Irak og Afghanistan vil veje tungt, hvilket taler for bælter, fordi de giver den bedste mobilitet og højeste taktiske frihed. Samtidig er det en offentlig hemmelighed, at hæren helst vil have bælter,« siger Jens Ringsmose.

Jeppe Plenge Trautner er ekstern lektor ved Aalborg Universitet og redaktør for Krigsvidenskab.dk. Han er enig i, at bælter vil være det sikreste valg til langt de fleste opgaver, som forsvaret kan forventes at løse. Han peger dog på, at den samlede økonomi vil få en afgørende betydning, og her vil hjulkøretøjer have en klar fordel, fremhæver han.

»Det hjælper ikke at have det lækreste udstyr i for lavt antal. Man skal have råd til nok køretøjer og til at uddanne det personel, der skal bruge køretøjerne meget grundigt. I sidste ende vil købet blive en iskold afvejning af økonomien over for personellets sikkerhed,« lyder det fra Aalborg-forskeren, der helst så, at forsvaret fik både hjulkøretøjer og bælter.

Tudetosset med kun én type

Også lektor Peter Viggo Jakobsen fra Forsvarsakademiet mener, at en kombination af hjul og bælter vil være at foretrække, og det bør der være råd til, pointerer han. Især sammenlignet med hvad der ellers bliver afsat penge til i forsvaret og set over en årrække på 20-30 års brug i forsvaret.

»Forsvaret har hidtil haft en kombination af hjul og bælter, og for mig at se vil det være tudetosset, hvis forsvaret ikke kan sende begge typer køretøjer ud på internationale missioner. Vi kan umuligt forudsige, hvilke konflikter der venter forude. Bare se på situationen på Krim,« siger Peter Viggo Jakobsen.

Forsvaret lægger i sit udbudsmateriale op til et køb af 360 køretøjer, men opererer med en ramme på mellem 206 og 450 køretøjer.

Ingen af de tre eksperter vil komme med et konkret bud på af det rette antal køretøjer. Det konkrete antal vil blandt andet komme an på, hvilken struktur hæren skal have fremover.

Pointen er bare, at hæren skal have nok køretøjer til at have soldater udsendt, træne de hold, der skal tage over, og samtidig kunne have almindelige soldater under uddannelse. Det skal ske på samme tid og på flere kaserner. Ellers kan man lige så godt lade være, lyder det.

Et spørgsmål om religion. Sådan lyder det ofte, når samtalen falder på forsvarets anskaffelse af nye pansrede mandskabsvogne – PMV’er – og ikke mindst på, hvorvidt der skal være bælter eller hjul under køretøjerne.

Det er ikke så ligetil, som det måske lyder, og det bliver ikke mere enkelt af, at Forsvarets Materieltjeneste, FMT, i sit udbud har inviteret kandidater fra begge lejre til at byde ind.

Efter testkørsler i Oksbøl sidste år er fem af otte kandidater tilbage – heraf to med hjul. De fem bliver inden for de næste uger inviteret til at afgive endeligt tilbud.

Med en ramme på mellem 206 og 450 køretøjer er det danske køb en af den slags kontrakter, der får våbenhandlerne til at spytte kaffen ud over computeren, når opslaget tikker ind på EU’s udbudsportal.

Frankrig har netop lanceret et udbud på et par tusinde mandskabsvogne, men det er forbeholdt franske virksomheder – i øvrigt som et klokkeklart tegn på fraværet af et åbent marked for forsvarsmateriel i Europa.

Dansk storkøb

Der er med andre ord tale om et dansk storkøb, der ifølge forsvarets udbudsmateriale vil ende med omkring 360 køretøjer fordelt på seks forskellige konfigurationer fra transport af infanteri til ambulancekørsel. Samtidig er det et køb, der vil definere forsvarets flåde af pansrede køretøjer i årtier frem.

Lugten af storkontrakt har naturligvis fået repræsentanter fra leverandørerne til Danmark for at fortælle alle, der gider at lytte, om køretøjernes fortræffeligheder godt hjulpet af de enkelte landes ambassader.

For dem er det nationale industrihensyn, der er på spil, mens det for Danmark handler om, hvilke opgaver forsvaret skal løse fremover, samt hvad der er råd til.

Det tekniske spørgsmål om bælter eller hjul er vigtigt i den sag. Forsvaret vil forsøge at ensrette sin vognpark ved på sigt at afløse alle pansrede køretøjer og dermed udnytte potentielle stordriftsfordele. I udgangspunktet er hjulkøretøjer billigere end bælter både i anskaffelse og drift, hvilket samtidig betyder flere køretøjer til internationale operationer, træning og uddannelse.

Til gengæld er forsvarets erfaring fra de sidste mange års danske missioner i Afghanistan og Irak, at bæltekøretøjer giver den bedste kombination af taktiske egenskaber og mobilitet koblet med høj beskyttelse af soldaterne inden i køretøjerne.

Analyser fra den amerikanske hær viser, at hjul er bedst egnet til eksempelvis blødere missioner i civiliserede, bynære områder som fredsbevarende missioner.

Omvendt giver bæltekøretøjer større bevægelighed i alle typer terræn og i sidste ende bedre beskyttelse af sodaterne. Det lugter af Afghanistan-lignende missioner i Afrika.

Samtidig taler Krim-krisen til fordel for en mobil og stærk landstyrke, der kan imødegå russerne, hvis det skulle blive nødvendigt.

Da ingen kan spå om fremtiden, ville det optimale nok være ‘både-og’ frem for ‘enten-eller’, fordi forsvaret så ville have værktøjet til begge typer missioner.

Det scenarie er dog næppe realistisk den økonomiske situation taget i betragtning, og derfor vil købet – hvis man skærer det helt ind til benet – ende som en iskold kalkule over økonomi versus soldaternes sikkerhed i skarpe missioner.

Det er en offentlig hemmelighed, at hæren ser bælter som et must. Spørgsmålet er, om økonomien er til, at hæren får sin vilje. Det ved vi i slutningen af året, når kontrakten er underskrevet, og religionskrigen slut.

En af de gængse teorier om, hvordan Jorden fik liv, går ud på, at det blev bragt hertil af meteoritter og herefter udviklede sig.

Men den britiske kemiker dr. Terry Kee fra University of Leeds mener, at livet sagtens kan have udviklet sig uden hjælp udefra.

Livet formodes at handle om, at celler har fået et stofskifte, og det er dette stofskifte eller forbrænding, Terry Kees forskergruppe har koncentreret sig om.

»Vi prøver at bygge bro mellem den tidlige Jords geologiske processer og fremkomsten af biologisk liv her på planeten,« siger Terry Kee i en pressemeddelelse.

Forskergruppen har taget fat i antagelsen om, at livet udviklede sig dybt på havets bund fra livløst stof, såsom kemiske forbindelser i gasser og mineraler.

Terry Kee holder fast i, at denne proces handler om, at der har eksisteret en slags geologisk liv, før det biologiske opstod.

»Det virker måske usædvanligt at snakke om, at geologi som sten og mineraler kan være levende. Men hvad er liv?« spørger Terry Kee, som i mangel på et tilfredsstillende svar har besluttet sig for at se på det på samme måde som den energi, der skabes i f.eks. brændselsceller.

Her handler det om at danne elektrisk energi, når et molekyle bliver oxideret og mister elektroner, mens et andet får elektroner.

Det er nogenlunde samme proces som i fotosyntesen i planter, hvor CO2 bliver til sukkerstoffer og vand til ilt, eller i mennesker, når vores celler omdanner sukker til CO2 og ilt til vand.

I den britiske undersøgelse af forholdene har Terry Kee og hans hold fremstillet en simuleringsmaskine i form af en brændselscelle, som skal vise, hvordan livet på Jorden kan være opstået ved de samme energiskabende processer.

Forskerne kigger især på de elektrisk ledende mineraler jern og nikkel, da de var til stede meget tidligt i Jordens historie, og de beviste, at både jern og nikkel kunne generere energi i deres proof-of-concept-brændselscelle.

De er dog stadig ikke helt sikre på, hvordan det geologiske liv blev til biologisk, men understreger, at de mener at være et skridt på vejen mod en forståelse.

Forskningen er publiceret i tidsskriftet Astrobiology, og det er forskernes håb, at deres simulering kan vise, om samme proces kan lade sig gøre eller har været i spil på andre planeter.

Se Terry Kee vise maskineriet frem i videoen nedenfor og fortælle om sammenhængen mellem livet på Jorden og en brændselscelle.

Næste version af programmeringssproget JavaScript ES6, også kendt under kodenavnet harmony, indeholder rigtig mange forbedringer. En af dem er generators, som rummer nogle interessante muligheder for asynkron JavaScript-kode.

Kort introduktion til generators

Generators er en speciel ny type funktion. Generator-funktionen er en slags constructor.

At kalde generator-funktionen giver dig et objekt, der kan generere værdier, en værdi ad gangen, efterhånden som du beder om den næste værdi.

Det kunne for eksempel være en generator, der giver dig heltallene fra 1 og opefter (1, 2, 3, 4, 5, 6, …):

Læg mærke til stjernen * efter function. Stjernen gør funktionen til en generator, og dermed får du muligheden for at bruge yield-kommandoen.

Du kalder generator-funktionen som en constructor, det giver dig et generator-objekt. Generator-objektet har metoden next(), som du kalder for at få den næste værdi i rækken:

Første gang du kalder next() svarer det til, at heltalGenerator-funktionen bliver kørt som en normal JavaScript-funktion.

Det nye er, at heltalGenerator har en yield-kommando.
Når funktionens eksekvering ramme yield-kommandoen, bliver værdien der yield-es returneret som value i det objekt, som du får tilbage, når du kalder next(). Herefter er generatoren “sat på pause” på det punkt i koden, hvor yield blev kaldt.

Næste gang next() kaldes, genoptager heltalGenerator-funktionen eksekveringen fra det sted den blev sat på pause. Alstå eksekveringen genoptages det sted, hvor heltalGenerator kaldte yield. Reultatet er, at heltalGenerator-funktionen yield-er n og tæller den en op hver gang next() kaldes, og dermed generer tallene 1, 2, 3, 4, …

Hvis nu vi omskriver heltalGenerator-funktionen en smule:

… kan vi tildele variablen nyStart en værdi, når vi kalder next(). Dermed kan vi få generatoren til at genere tal fra et nyt startpunkt:

Der hvor generator-funktionen blev “sat på pause” af at kalde yield, kan vi sende en værdi tilbage i funktionen, til når den genoptager sin eksekvering.

Som du måske kan se, kan generators bruges til mange spændende ting. Lad os kigge på en måde at bruge dem på i forhold til asynkrone kald.

Asynkrone IO-kald

Lad os først kigge på et meget forsimplet eksempel:

Resultatet af at køre kode er, at der efter 100 millisekunder udskrives:

De første tre linjer er de vigtige i eksemplet. Jeg kalder den asynkrone databaseOpslag-funktion, og giver den en callback-funktion, som skal kaldes når databaseOpslag-funktionen er færdig med I/O-operationen og har et resultat klar.

Det er et meget brugt pattern i JavaScript. Både i browseren og på serveren i node.js. Nogle gange er det lavet med promises eller andre måder at lave flow-control. I node.js er det mest almindelige at bruge callbacks, som i eksemplet.

Problemet

Problemerne med denne måde at skrive sin kode er blandt andet:

• Den “støj” det giver i koden at du skal definere en callback-funktion. Function er et langt keyword, og der skal også skrives paranteser og tuborg-klammer.
• Callbacks giver et niveau af indentering. Koden rykkes et niveau ind med tab eller spaces. Dette kan delvist afhjælpes med function-hoisting, men ikke helt.
• Når der tilføjes fejlhåndtering i hver callback, giver det endnu mere støj i koden. Dette kan afhjælpes en del med fx promises, eller andre former for flow-control-hjælpere. Jeg er ikke særlig vild med nogen af dem. Blandt andet på grund af det simple faktum, at stort set alle node.js-moduler bruger callbacks.
• Hvis det logiske flow i koden kompliceres af forgreninger i if-else-statements, kan koden blive meget svær at læse. Og her er det ligemeget om du bruger callbacks, promises eller andre flow-control-libraries. Der er simpelthen for meget syntaktisk “støj” i koden, i alle de løsninger jeg har set.

Generators brugt til at gøre kode med asynkrone kald mere læsevenlig

Generators giver en spændende ny mulighed for at takle problemerne beskrevet ovenfor.

Forklaring af koden:

• run-funktionen fungerer på en sådan måde, at den generator-funktion run kaldes med som parameter, forventes at lave asynkrone operationer. I dette eksemplel er det code-funktionen der laver den asynkrone operation, nemlig database-kaldet.
• code-funktionen skal yield-e når den laver den asynkrone operation i kaldet til databaseOperation og bliver dermed sat på pause.
• code-funktionen sørger for at bruge resume-funktionen som den callback-funktion der skal kaldes når den asynkrone databaseOperation er færdig og har resultatet klar.
• resume-funktionen kalder next() med resultatet af den asynkrone operation, og sender dermed resultatet tilbage ind i code-funktionen, der hvor den blev “sat på pause”

Resultatet af at køre kode er igen, at der efter 100 millisekunder udskrives:

Slutresultatet er at den oprindelige kode:

… nu kan skrives som:

Det virker måske ikke så imponerende. Men hvis vi nu forestiller os en funktion med fire databaseoperationer, der skal udføres serielt efter hinanden, fordi resultatet af hver database-operation skal bruges til den videre behandling:

… så kan vi bruge run til at skrive det samme sådan:

.. så kan du måske ane nogle muligheder?

Discalimer

Koden ovenfor er kun ment som meget forsimplede eksempler. Koden skal illustrere generators og konceptet med at bruge dem til asynkrone kald. Det er på ingen måde ment som kode, der skal bruges til noget som helst andet end at illustrere disse koncepter.

Hvis du vil se en produktions-klar implementation af konceptet, kan du kigge på suspend-modulet, som jeg synes har den bedste implementation. Suspend-modulets implementation har også håndtering af fejl, kan bruges med asynkrone kald med promises eller thunks og kan håndtere at køre flere asynkrone kald parallelt.

Et andet populært modul er co.

Jeg siger ikke, at du skal til at skrive al din asynkrone kode med det pattern beskrevet ovenfor. Jeg bruger det ikke selv (endnu). Dette er bare et debat-oplæg.

Hvornår kan jeg bruge ES6?

I første omgang har ES6 nok størst interesse for programmører der bruger JavaScript på serveren i node.js. Det kommer til at tage mange år, før du kan regne med, at alle dine brugeres browsere understøtter de nye features. Der er dog en mulighed for at bruge ES6-features i din kode i dag, og samtidigt sikre at dit website virker i browsere der kun har ES5. Du kan bruge traceur-kompileren der kompilerer ES6 til ES5.

For at bruge ES6 i node.js kræver det at du kører den ikke-produktionsmodne version 0.11 af node.js (tag den nyeste).

Du skal køre node.js med kommandoline-parameteren –harmony. Det er sådan, jeg har testet kode-eksemplerne i denne blogpost.

Jeg vil tro, at generators er med i version 0.12 af node.js, som er den næste stable release.

ES6 har meget andet spændende

Hvad bruger du til flow-control i din JavaScript-kode?

ES6 har mange andre spændende nye features. Har du en favorit?

Det er tæt på, at det bliver muligt at spille en omgang quidditch som Harry Potter gjorde det på Hogwarts, for nu er den flyvende bold kommet, skriver Daily Mail.

En gruppe forskere på universitetet i Tokyo har står bag bolden, som holder sig flyvende ved hjælp af en ganske lille drone, og konstruktionen er tilsyneladende så robust, at man sagtens kan give bolden et los, uden at den går i stykker.

Holdet bag bolden er gået i krig med projektet ud fra den betragtning, at det snart er ved at være svært at finde på helt nye boldspil, så vil man udvikle sporten, må man se lidt mere på udstyret.

Og hoverball’en lægger op til radikalt nye former for boldspil, da spillet ikke udelukkende behøver at handle om talent, når bolden kan programmeres til f.eks. at ignorere stjernespillere i en periode, hvis holdet er for langt foran i forhold til modstanderne.

Om det er fair, kan diskuteres, men måske vil programmeringen betragtes som mere fair, hvis den bruges til f.eks. at sænke farten på bolden, når det er ældre, børn eller handicappede, der spiller med.

Kun strøm til fem minutter

Bolden er lavet af plastic, der er støbt i en netform og udfyldt med den 90 mm brede drone, og ifølge New Scientist skal bolden fjernstyres.

Med tiden regner forskerne dog med at gøre det muligt at foretage disse forprogrammeringer, der f.eks. kan gøre det nemmere at ramme kurven i basketball, hvis kursen på bolden automatisk kan ændres.

Foreløbig er der også kun tale om kortere boldspil, da den nye hoverball kun kan holde sig i gang i fem minutter.

I de seneste år har ungareren Adam Magyar indtaget det ene internationale galleri og udstillingsrum efter det andet. Hans billeder og videoer vises i New York, Paris og Berlin – og på Galerie Wolf i Aalborg kunne vi danskere nyde godt af Adam Ma­gyars billeder, da han deltog i en gruppeudstilling dér i 2008.

Hans billeder og videoer har næsten alle samme motiv og tema: Storbymennesker på vej. Enten venter de på en metrostation i Berlin, Paris, New York eller Shanghai, eller også går de gennem bybilledet – eller står i et undergrundstog.

Når Adam Magyar er slået igennem på den internationale kunst­scene, skyldes det sandsynligvis, at hans billeder fastlåser genkendelige situationer i tid eller rum på en anderledes måde og dermed udvider opfattelsen af, hvad der sker lige dér i situationer, vi troede, vi kendte.

Som menneskene i serien Urban Flow, der haster gennem byen, måske på vej fra én station til en anden – som billedet her på opslaget. Ved hjælp af den såkaldte split scan-teknik viser hele billedet den samme 1 pixel brede lodrette linje optaget igen og igen, mens motivet har bevæget sig forbi. Nogle steder står detaljerne knivskarpt, andre steder flyder billedets elementer ud i en glidende bevægelse.

Eller som det splitsekund, der i Stainless-seriens stillbilleder bliver holdt fast, så man får et kig ind i en drengs uudgrundelige blik, netop som det undergrundstog, han står i, kører ind på perronen. Sidstnævnte er taget med et industrielt højhastighedskamera, som Adam Magyar fandt til lejligheden.

Modificeret industrikamera

Født i 1972 i Ungarn, men bosat i Berlin. Han har lavet både soloudstillinger og deltaget i mange gruppeudstillinger over hele verden.

Hans fotografier er bl.a. udgivet i bogen ‘In the Life of Cities’, redigeret af Mohsen Mostafavi (Harvard Graduate School of Design/Lars Müller Publishers, 2012), samt bogen ‘Light and Lens: Photography in the Digital Age’ af Robert Hirsch (Focal Press, 2012).

»Jeg havde ikke så mange penge og opdagede så de her industrikameraer, som bliver brugt til at kvalitets­tjekke produktioner på f.eks. samlebåndsfabrikker i Asien,« fortæller Adam Magyar over Skype fra Seoul, hvor han i øjeblikket forbereder en udstilling.

Den software, der fulgte med industrikameraerne, var dog ikke just egnet til kunstfotografi, så Adam Magyar måtte selv programmere:

»Det er en ret spændende del af processen, og jeg laver altid selv den software, som jeg skal bruge, om det så er til videoerne eller still­billederne. Nogle gange føles det som at grave efter guld, fordi man ikke rigtig ved, hvad man finder, og om man finder lige dét, man er på udkig efter. Jeg holder altid fast ved min oprindelige idé, så jeg bliver ved, til jeg har fundet det, jeg skal bruge. Heldigvis var jeg meget optaget af programmering, da jeg var yngre, så det har hjulpet mig her senere hen,« siger Adam Magyar.

Stainless-serien fra undergrundsstationer forskellige steder i verden indeholder også en række videoer, der ligesom hans andre værker kan ses på Adam Magyars hjemmeside.

Gennem rum og tid

Her brugte Adam Magyar et højhastighedsvideokamera, der ellers bruges inden for forskningen og industrien, blandt andet til at teste biler i sammenstød. De ekstreme slow motion-sekvenser står tindrende skarpe, så beskueren kan iagttage de fastfrosne situationer i detaljer.

Under optagelserne sad Adam Magyar i undergrundstoget, mens det rullede ind på perronen, og filmede de mennesker, der stod og ventede. Kombinationen af ekstrem slow motion og kameraets bevægelse forbi stillestående mennesker skaber en illusion af, at man bevæger sig forbi et enormt 3D-foto, hvor alt er fastfrosset i tid. Først afslører kun en enkelt langsom håndbevægelse eller et blinkende øje, at tiden ikke står stille, men så opdager man barnet i baggrunden, der løbende følger Magyars kamera hen ad perronen.

Men hvorfor lige de situationer?

»Jeg har altid kunnet lide at observere mennesker. Da jeg var yngre, rejste jeg meget og opholdt mig i lange perioder i Indien, hvor jeg fordrev det meste af tiden med at iagttage folk. Der er noget særligt over folk i storbyer, der er på vej fra et sted til det næste. Med Urban Flow-serien ville jeg vise folk som partikler i et system, der alle går i samme retning. Der ligger en værdi i det nu, der er lige dér, hvor man er i bevægelse,« siger Adam Magyar.

Det er netop det nu, Adam Ma­gyar indfanger med sit industrielle højhastighedskamera; folk i bevægelse er fanget i det øjeblik, der ligger udspændt mellem afgang og ankomst.

Se flere af Adam Magyars billeder samt hans videoer på magyaradam.com, hvor billederne bedre kommer til deres ret og man kan zoome ind på detaljerne.

Kræft er en lumsk størrelse, for ofte kan den have spredt sig godt og grundigt, før patienten får de første symptomer.

Nu håber en række forskere imidlertid at kunne opdage de farlige celler så tidligt, at de ikke når at bevæge sig videre og blive livsfarlige, skriver American Chemical Society.

Hemmeligheden ligger i små lysglimt, udsendt af guldnanopartikler.

»Vi har taget verdens måske vigtigste molekyle, dna, ændret det til at være cirkelformet og modificeret det til at detektere specifikke molekyler inden i celler. Disse strukturer går ind i celler helt naturligt og lyser op, når de opdager sygdomsfremkaldende molekyler,« fortæller ph.d. Char Mirkin, kemiker på Northwestern University i staten Illinois.

»Vi ser på, om vi kan bruge nanoglimt til at komme frem til en ny form for brystkræftdiagnostik, og de første resultater er påfaldende,« siger han.

Teknikken bygger videre på forskning, som Char Mirkin igangsatte allerede i 1990’erne. Her blev de ’sfæriske nukleinsyrer’, SNA’er, til. De er typisk lavet af guldnanopartikler, dækket med tætpakkede, korte dna-strenge.

Disse nanopartikler skal herefter en tur ind i kroppen og se efter farlige celler, og de første laboratorieundersøgelser har vist, at partikerne sagtens kan finde ind i celler, fortæller Char Mirkin.

»Nanoglimt kan detektere, hvor enkelte kræftceller befinder sig i et stort hav af celler. Det er vigtigt, for når kræft spreder sig, er der ofte tale om, at blot få celler løsriver sig fra tumoren og går i blodet,« siger han og understreger, at teknologien også kan bruges til at opsamle de farlige celler for bedre at få syn for, hvilken behandling der vil egne sig.

Teknologien er allerede prøvet af i dyr, og nu er forskergruppen i gang på mennesker. Chad Mirkin mener selv, at kommercielle test, baseret på nanopartiklerne, snart vil være til rådighed.

Teknologien til at læse det menneskelige dnas mere end tre milliarder basepar er først langsomt ved at blive brugbar for forskere og læger verden over.

Forventningerne var ellers, at teknologien hurtigt ville hjælpe os til at kurere et hav af sygdomme, da vi for mere end et årti siden sekventerede det første menneskelige genom. Men aflæsningen af menneskets basepar svarer til at læse ordene i en bog uden at forstå dem. Det er først nu, vi begynder at forstå ordene.

Sådan lyder budskabet fra Ingeniørens nye biotek-blogger Lars Kongsbak, der er molekylærbiolog og administrerende direktør i firmaet Exiqon, der arbejder i markedet for genetisk analyse.

Læs Lars Kongsbaks blog på ing.dk

Han underbygger sit budskab med nye tal, som han fik opgivet af den førende biotekforsker Eric Topol fra Scripps forskningscenter i San Diego under en nylig konference i samme by om netop gensekventering. I 1960 lykkedes det for første gang i verdenshistorien at finde en gendefekt, der havde en direkte sammenhæng med en sygdom, nemlig en defekt i dannelsen af et bestemt enzym, der førte til Føllings sygdom, som giver muskelspænding, mental retardering og kramper.

Først 29 år efter lykkedes det så at finde en ny sammenhæng, denne gang mellem en gendefekt og cystisk fibrose, og da videnskaben i år 2000 var så langt, at man havde gensekventeret et fuldt menneskelige genom (godt nok sammenstykket af forskellige individer), så havde man faktisk kun associeret 200 gendefekter med en sygdom. Men i begyndelsen af år 2000 var der en udbredt formodning i offentligheden og blandt forskere om, at gensekventering snart kunne fortælle alt om arvelige sygdomme, fremtidige skavanker, dødstidspunkt osv.

»Der var en naiv opfattelse af, hvad data kunne bruges til. Datamængden var enorm, men det var kun en brøkdel, vi kunne forstå. Problemet er at kende fænotyperne, altså karaktertrækkene, at forstå funktionen af de enkelte gener,« siger Lars Kongsbak.

Kender sit inderste væsen for 27.000 kroner

I dag er det lykkedes forskerne at finde sammenhængen mellem 2.500 gendefekter og sygdomme, udviklingen tager altså fart i disse år, blandt andet fordi gensekventeringen har fundet vej ind på hospitalerne.

»For at forstå sammenhængen mellem generne og sygdomme er vi nødt til at have hundredetusindevis af mennesker gensekventeret, og selv da er vi ikke i mål. Problemet er jo, at vi sammenholder genetiske oplysninger med lægeundersøgelser på vidt forskellige hospitaler med vidt forskellige metoder og vidt forskellige læger. Det giver en masse statistisk støj,« siger Lars Kongsbak.

Selv er han et af de stadig flere mennesker, der vælger at få sit genom sekventeret. Tidligere var det især det amerikanske biotekfirma 23andMe, der sad på det marked, men i dag er der langt flere udbydere, blandt andre det fremadstormende San Diego-firma Illumina, der er kendt for deres næste-generations-sekventeringsmaskiner (NGS).

Hvor 23andMe ikke sekventerede hele genomer, men kun variationer i cirka 700.000 basepar i et genom med 3 milliarder basepar, så undersøger Illumina mere end 95 procent af genomet. Hvor 23andMe bruger en dna-chip (microarray) til at afkode dele af genomet, så bruger Illumina NGS. Det er med til at forklare prisforskellen mellem de 530 kroner, en genom-test koster hos 23andMe, og de 27.000 kroner for en test hos Illumina.

Lars Kongsbak har fået sit genom sekventeret hos Illumina, men så medfølger også en grundig gennemgang af et udvalg af de 3,5 millioner varianter, som Lars Kongsbak har i sit genom i forhold til det referencegenom, som Illumina bruger. Informationerne fra Illumina kan han downloade til en app, så han kan sidde i sofaen og se ind i sit inderste, som han siger.

»Det er den vildeste oplevelse at sidde og surfe rundt i sit indre. Det er bedre end at gå i biografen,« siger Lars Kongsbak, der blogger på ing.dk om sine erfaringer.

Han kan f.eks se, at han ikke får den samme effekt af kaffe som andre, at han håndterer stress bedre end de fleste, at han nedbryder dopamin og adrenalin hurtigt og responderer særligt på en række medicintyper.

Ifølge Lars Kongsbak handler nogle af de vigtigste genetiske oplysninger dog ikke om kaffeoptag og stress, men om kroppens evne til at optage og nedbryde medicin eller andre stoffer. Den viden kan forbedre effekten af lægemidler eller f.eks. hjælpe folk til at spise mere calcium for at undgå knogleskørhed, hvis de tidligt opdager, at deres krop optager alt for lidt.

Vil ikke leve i uvidenhed

Kritikere af gensekventering advarer dog mod, at mange mennesker ikke kan overskue de mange informationer og vil bekymre sig unødigt. Men Lars Kongsbak vil hellere undgå uvidenhed.

»Hvis jeg har anlæg for Alzheimers, vil jeg hellere vide det, så jeg f.eks. kan ændre min pension og begynde at forebygge sygdommen,« siger han.

Men kunne man ikke også forestille sig, at folk ville drage uheldige konsekvenser af deres genetiske data, som f.eks. ‘jeg har ikke anlæg for lungekræft, så jeg ryger bare noget mere’?

»Den konklusion drager vi jo allerede, hvis vores mor, far, bedstefar og oldefar har røget som skorstene uden at dø af det. Det er det samme, hvis vi ved, at alle i familien har haft brystkræft, så tager vi forholdsregler. I stedet for en mistanke giver de nye teknologier vished,« siger han.

Hvordan ændrer det lægens rolle i samfundet?

»I nogle tilfælde vil patienten blive mere vidende end lægen. Lægerne skal indstille sig på at være rådgivere, mens patienten vil være ufattelig oplyst gennem apps i enhver mobiltelefon, der allerede har fortolket på dine gendata,« siger Lars Kongsbak, der dog ikke kun ser på de nye teknologier med ren begejstring.

»Den nye teknologi er løbet langt foran den nødvendige debat. I dag kan vi fravælge børn på grund af hårfarve, anlæg for depression eller alvorlig sygdom helt nede på et celleniveau med kun fire celler. Vi er simpelthen ved at sætte os i kontrol over vores egen evolution, som ikke længere er styret af vores omgivelser. Spørgsmålet er, hvor vi sætter grænsen,« siger Lars Kongsbak.

Jeg har kodet en del i Python de sidste mange år samt C/C++. Jeg fik dog et spørgsmål på bordet den anden dag, som er af generel interesse – hvordan debugger man effektivt efter hukommelsesproblemer i Python på en Linux-maskine? Hvis man f.eks. ser at et Python pludselig er gået fra 100 MB til 5 GB hukommelsesforbrug. Jeg vil gerne høre jeres gode ideer til at jage dette.

Havde det været et C/C++ program havde jeg kørt “valgrind –tool=massif PROGRAM” og derefter “ms_print massif.out.*”.Se f.eks. her. Det giver et glimrende billede ind i “hvad/hvor” problemerne stammer fra.

Jeg har ikke til Python fundet et tilsvarende sejt værktøj. Jeg ved ikke om man kan køre Cython på Python-koden, oversætte det hele og derefter “valgrind –tool=massif…”. Det ligger ikke lige til højrebenet, men det er noget jeg vil prøve.

Mht. ren Python-kode så faldt jeg over “Meliae“, som ser interessant ud. Det fungerer glimrende og man kan med minimale ændringer få oversigter over hvilke typer elementer optager hvor meget hvor meget hukommelse. Det er relevant, men ikke godt nok. Jeg savner to ting. Dels at man kan få “snapshots” af hukommelsen over tid, men også hvilke “dicts” er det værste.

Min ven Finn pegede mig til dette link.
Ideen er at indføje “@profile” til de funktioner man mistænker er dårlige og så kører man Python med argument “-m memory_profiler”.
Det er også mere interessant, men det er umiddelbart irriterende at man skal fjerne/indsætte “@profile” i koden alt efter om man vil profilere.

Som testprogram kan f.eks. anvendes

I eksemplet er det nemt af afgøre at my_func2() koster en del, men hvordan gør man det i praksis, når der er 10.000 linier kode?

Har I erfaringer med dette område af Python, så skriv meget gerne om dette nedenfor.

/pto