Digital billedbehandling i mikroskopi har avancerede markant i de seneste par år og er i stand til at matche eller overgå til kvaliteten af ​​filmen billeddannelse. Den software, der bruges til at opbevare og behandle billederne bliver også mere avancerede. Flerdimensionale Imaging

Avancerede pakker kan fange, håndtere og analysere data og vise multidimensional billeddannelse af seks dimensioner : X, Y , Z, Lambda ( bølgelængde) , T -og flertrins point. 3D-billeder kan visualiseres som softwaren gør sekvenser af billeder i forskellige dimensioner .
Dybdeskarphed

Billeder, der er taget på forskellige niveauer af fokus kan bruges at skabe en alt-i- fokus billede.
Database Management

Moderne mikroskop imaging software kan administrere databaser af billeder , støtte billed-og meta -data. Billeder kan sorteres i databaser og tabeller til filtrering , sortering og multiple gruppering. Billeddata data kan eksporteres til et regneark til yderligere analyse.
Deconvolution

Fluorescent 3D-billeder kan forbedres ved at reducere dis og sløring af billedet.