The FASTA filformat er en tekstbaseret format, der bruges til at repræsentere nukleotid -og peptid- sekvenser med single- bogstavkoder . Formatet stammer med FASTA softwarepakke , som blev udviklet på University of Virginia . Den FASTA format har udviklet sig til en standard inden for bioinformatik . Det er muligt at hente den FASTA softwarepakken og oprette og sammenligne sekvenser på din egen Mac-computer. Ting du skal
FASTA eksekverbare program til Mac OS X
Terminal program
Vis Flere Instruktioner
1

Download en eksekverbar for FASTA bygget til Mac OS X ( se Resource 1). Professor WR Pearson fra University of Virginia opretholder et websted med kildekode og binære eksekverbare filer til en række platforme . Pr. februar 2012 er den seneste binære version af FASTA til Mac OS X FASTA - 35.4.11.macosxuniv.tar.gz .
2

Åbn et Finder-vindue , og navigere ved hjælp af venstre sidebar til din download-mappen . Dobbeltklik på FASTA eksekverbare binære fil, du har downloadet. Dette vil dekomprimere og udpakke pakken for at oprette en undermappe kaldet " fasta - 35.4.11 " i din download mappe.
3

Åbn et terminalvindue og navigere til mappen Overførsler fra kommandolinjen . Den kommando i Terminal vil være "CD Downloads" , hvis du bruger systemet standardindstillinger. Fra mappen Overførsler , skriv " cd fasta - 35.4.11 " for at indtaste FASTA mappen.
4

skriv kommandoen " bin/fasta35 -Q seq/mgstm1.aa seq /prot_test . lseg "i Terminal -vinduet. Dette vil køre en test forespørgsel sekvens mod en test bibliotek . Hvis denne kommando udfører korrekt, vil du se en oversigt over scanningstider og sekvens rester.
5.

Lav en FASTA fil ved hjælp af en teksteditor , f.eks TextEdit program eller vi kommandoen fra Terminal. En FASTA fil er en simpel tekstfil . Den første linje i filen skal indeholde en ">" tegn efterfulgt af en sekvens id. Din FASTA fil skal indeholde en DNA-sekvens på de resterende linjer.