The FASTA fil format anvendes til at lagre rækkefølgen data fra nukleinsyrer eller peptider . Flere sekvenser kan lagres i en enkelt fil , der kaldes en multi - FASTA fil . Sekvenser data formateres som en kort overskrift linje identificerer og den sekvens, data på en ny linje. Ved at placere sekvensen headere i en multi - FASTA fil med Perl kommandoer , er det muligt at udvinde de enkelte sekvenser fra en multi- FASTA fil . Instruktioner
1

Åbn en teksteditor med en tom tekstfil for at begynde et nyt Perl -program.
2

Begynd programmet ved at angive placeringen af ​​Perl på dit system. Dette er normalt " /usr /bin /perl " eller " /usr /local /bin /perl. "

#! /Usr /bin /perl
3

Importer de " strenge " og " fil :: bASENAME " biblioteker . Den " File :: Grundnavn " bibliotek understøtter parsing af fil stier og udvidelser . Den " strenge " biblioteket begrænser usikre konstruktioner , kaster en fejl under kompilering snarere end på runtime .

Brug strictuse File :: Grundnavn
4

Læs argumentet variabel fra kommandolinjen . Dit program , bør du vælge at navngive det " fasta_extract.pl ", vil forvente at blive givet placeringen af ​​en FASTA fil og parametre for at vælge sekvenser at udvinde. Den første parameter vil være en FASTA filnavn og den anden vil være en streng for mønstertilpasning . Argument variabel er adgang fra " $ ARGV " matrix

min $ fasta_file = $ ARGV [0 ] . Min $ pattern = $ ARGV [1],
5

Open FASTA fil ved hjælp af "open ()" funktionen . Du vil angive programmet for at holde op, hvis det ikke kan åbne filen ved hjælp af " die " kommando

åbne ( INPUT , $ fasta_file )