Computeren på DTU har 16.000 kerner og 92 terabyte hukommelse. Foto: Nicolai Devantier.
Supercomputeren på DTU regner, til du segner.
Men de enorme datamængder, som systemet regner på, betyder, at det er lettere at flytte sit forskningsarbejde efter regnekraften end at flytte data til den lokale maskine.
Sundhedsdata, der er gemt på en supercomputers harddiske i Oslo, flyttes altså ikke til DTU, hvis en forsker skal bruge dem.
Beregningen flyttes i stedet til Norge via skyen.
“Datamængderne og databaserne er simpelthen så store, at det vil tage oceaner af tid at kopiere data og flytte dem til den computer, der skal foretage den relevante udregning,” fortæller Peter Løngreen, chefkonsulent, DTU Systembiologi.
“Derfor flytter vi i stedet beregningsjobbet til den placering, som data har, via en sky. På den måde kan man regne på data i eksempelvis Tyskland og Sverige eller svenskerne kan regne på danske sundhedsdata uden at flytte data.”
Biologiske data fylder 60 procent
Hvert halve år fordobles mængden af elektroniske data om levende organismers biologi, hvilket er DTU-maskinens primære regneområde.
Man beskriver organismernes mindste bestanddele som celler, gener og proteiner – i alt fra bakterier og gærsvampe til mennesker.
Forskerne kan således bruge computeren til at foretage beregninger på en defineret patientgruppe fra Danmark som et led i forskningen efter ny medicin.
“Vi regner med, at i 2020 vil 60 procent af alle data indeholde informationer af biologisk karakter. Det skyldes blandt andet de mange registreringer fra fitness-gadgets og naturligvis fra forskningsverdenen,” siger Peter Løngreen.
Nummer 163
Man skal scrolle lidt ned af listen over de 500 største supercomputere i verden, før man støder på Danmarks – i øjeblikket – hurtigste maskine.
Læs også: Ny liste: Her er verdens – og Danmarks – vildeste computer
Men på en plads som nummer 163 dukker Computerome op.
Annonce:
Navnet dækker over hardware-komponenter, som teknikere har samlet til en af Danmarks kraftigste computere i et stille hjørne på den nordligste del af DTU Risø, der er smukt placeret ved Roskilde fjord.
Den er bygget i to containere, hvor en er udstyret med computerens mere end 16.000 kerner og 92 terabyte hukommelse, mens den anden container er optaget af storage-systemets 7,5 petabyte lagerplads.
Det giver en kapacitet på cirka 0,5 petaflops.
Formålet med at fylde containerne med isenkram fra blandt andet HP og EMC er at bringe Danmark helt i front, når det gælder forskning og bearbejdning af enorme mængder biologiske data inden for life science, pharma- og på sundhedsområdet.
Et helt konkret mål er, at den enkelte patient i langt højere grad bliver behandlet med udgangspunkt i patientens gener og arvemateriale.
Annonce:
Cloud-løsning til flyttearbejde
Data er som udgangspunktet meget uensartede og i store mængder, når det drejer sig om mennesker eller kommercielle formål.
Desuden er de meget sensitive, så computeren skal være optimeret netop til denne mangfoldighed, og man skal helst ikke flytte sine data for meget ud og ind af den.
Derfor bygger udviklingsholdet på DTU en cloud-løsning, hvor brugerne af computeren kan låne eller købe regnekraft til projekterne.
“Løsningen bliver en cloud-service, hvor både private virksomheder og forskere kan tilgå maskinen. Det giver god mening, at vi deler regnekraften med alle interesserede. Mange firmaer har ikke råd til at købe et kæmpe computer til nogle få opgaver.”
Ligeledes opbygger man i øjeblikket store såkaldte high-performance computing-centre og kobler dem sammen i netværk som det europæiske ELIXIR. På den måde kan mange forskere gøre brug af hinandens data samt analysere sig frem til nye og større sammenhænge indenfor sundhed.
Et lille år efter maskinen blev sat i drift, har man allerede kørt over 100.000 jobs på den danske computer.
Læs også:
Danmarks nye videnskabsminister: Vi har et problem med it-uddannelserne
Leave a Reply